Nel XIV secolo, quando la vita comunitaria cessò a causa delle guerre e dell’insicurezza della montagna, l’abbazia venne concessa a personaggi di grandi famiglie che, gestendo i beni fondiari, mantenevano la vita religiosa nella chiesa attraverso sacerdoti rettori e conservavano in buono stato gli edifici. Dal 1458 Santa Lucia di Roffeno non dipendeva più da San Silvestro di Nonantola e quindi la collazione della commenda da allora in poi spettò al papa.
Fra gli abati commendatari più rilevanti per il XV secolo ricordiamo il primo della famiglia Sampieri insignito della carica, Alessandro, che era abate nel 1439, il 10 giugno, Vianesio Albergati, della famiglia che diede i natali al famoso vescovo riformatore e beato Nicolò, in carica fra il 1446 settembre 3 e il 1460 ottobre 19, e Girolamo Sampieri, dottore in ambo le leggi, figlio di Ludovico Sampieri, ricordato fra il 1480 gennaio 23 e il 1494 novembre 2. Alla fine del secolo fu abate Alessandro del fu Francesco Sampieri, ricordato nel 1496, fra il 1° gennaio e il 30 agosto, mentre nel 1498 giugno 13 risultava abate il card. Raffaele Riario mentre Girolamo Sampieri era semplice amministratore dell’abbazia.
Giacomo di Ludovico Sampieri era già abate nel 1504 agosto 29, ma ebbe la nomina di Giulio II solo nel 1507 dicembre 2; nel 1510 ottobre 25 presentò il rendiconto della sua amministrazione e nel 1522 gennaio 31 risultava ancora in carica. Questi “lasciò” l’abbazia poi al nipote, da parte di suo fratello Francesco, Alessandro, che ne ebbe bolla di conferma il 5 marzo 1526 da parte di Clemente VII. Per un periodo fu abate commendatario il card. Giovanni Salviati, che l’aveva ottenuta per cessione del medesimo Alessandro, il quale tuttavia ne riceveva nel 1549 aprile 24 una bolla di Giulio III di nuova collazione.
Alessandro nel 1554 fu costretto, a causa di una malattia agli occhi, a rinunciare al governo dell’abbazia e a cederla al nipote Astorre Sampieri, nel 1560 dicembre 18, ma questi dovette pagare allo zio le spese relative; tuttavia una bolla di Pio IV del 1560 ottobre 8 riservava i frutti dell’abbazia ad Alessandro Sampieri. Il possesso della carica non dovette essere del tutto pacifico per Astorre, perché ricevette nel 1561 aprile 9 un mandato di tenuta del vicelegato Pier Donato Cesi, ripetuto due giorni dopo e ancora il 4 maggio dello stesso anno. Nel 1563 e 1570 Alessandro comunque gestiva ancora i beni di Santa Lucia, perché concedeva beni in enfiteusi, mentre a seguito della sua morte, all’inizio del 1580, Astorre cessava i pagamenti in suo favore delle rendite dell’abbazia. Abbiamo poi notizie della permanenza in carica di Astorre ancora nel 1604.
Astorre di Vincenzo Sampieri, abate di Santa Lucia dal 1560, si laureò in diritto canonico il 24 ottobre 1584 e fu nominato canonico di S. Pietro il 28 giugno 1585. Personalità versata anche in diplomazia, fu inviato in qualità di nunzio apostolico a Napoli, dove si trattenne fino al 1592. Nel 1593 ritornò a Bologna e da quell’anno risulta anche rettore del collegio od ospitale di Sant’Onofrio, presso la chiesa parrocchiale di S. Maria della Maddalena. Fu colui che nel piano terreno del suo palazzo di Strada Maggiore 24 fece dipingere ai Carracci prima del 1595 i tre quadri di Cristo con la Cananea, Cristo e la Samaritana al pozzo e Cristo e l’adultera. C’è chi riconosce nei dipinti il tema delle tre virtù teologali, la fede della Cananea che chiede a Cristo di salvare la figlia malata (Ludovico), la speranza della Samaritana nell’acqua di vita eterna (Annibale), e la carità dell’adultera che chiede e ottiene il perdono (Agostino). Probabilmente poi il giovane ritratto nell’Adultera seduto in primo piano che guarda verso gli astanti è Astorre Sampieri. Quindi i dipinti appesi alle pareti erano un continuo invito alle virtù cristiane narrate nei Vangeli: si può immaginare il giovane Astorre che, attraversando questi ambienti, frequentando queste virtù, si augurava di potere infine giungere alle alte mete spirituali a cui ambiva. Morì l’11 giugno 1610.
Nel XVII secolo abbiamo due esempi di abati commendatari eletti in giovane età: Vincenzo Sampieri detto l’abatino, che ricevette dal pontefice Paolo V il 13 ottobre 1605 la bolla di collazione, e dopo di lui Carlo Antonio Sampieri, nominato con bolla di Urbano VIII quando aveva 12 anni nel 1637 aprile 6: Vincenzo alla fine rinunciò per il nipote Carlo Antonio ma non prima di avergli intentato processo. L’ultimo della famiglia a reggere l’abbazia fu Alessandro Sampieri, che il 26 marzo 1711 la consegnò, insieme a numerosi documenti di possesso che si erano accumulati nel tempo nelle sue mani, al card. Sebastiano Antonio Tanari. A lui succedette il card. Ludovico Pico della Mirandola, nel 1724 giugno 24, e il card. Filippo Monti, di cui si hanno notizie nel 1758.