Lo stemma della famiglia Aldrovandi è tratto da:
Blasone bolognese, cioè Arme gentilizie di famiglie bolognesi, nobili, cittadinesche e aggregate
In Bologna, presso Floriano Canetoli, 1791, vol. I.I., tav. 1
Filippo Maria Aldrovandi nacque a Bologna nel 1660 dal conte Ercole e da Smeralda Marescotti. Dopo la prematura morte della madre, il padre si risposò con Giulia Albergati, rapporto dal quale nascerà il suo fratellastro Pompeo. Nel 1672 morì anche il padre, e Filippo, appena dodicenne, fu eletto senatore nel seggio XLVI al suo posto e affidato allo zio materno, Riniero Marescotti. Al seguito dello zio il giovane cominciò a viaggiare e a frequentare le maggiori corti italiane: Roma, Firenze, Venezia. In Toscana intraprese una folgorante carriera militare, tanto che nel 1689 il granduca Cosimo III lo nominò capitano della Compagnia d’ordinanza delle corazze d’Arezzo. Rientrato a Bologna, sposò Elena Pepoli ed entrò in possesso della ricca eredità dello zio materno.
Nella sua vita in Senato ricoprità la carica di Gonfaloniere di giustizia per ben otto volte, la prima nel primo bimestre del 1681. Il 16 giugno dell’anno 1700 venne scelto come ambasciatore del popolo bolognese presso la santa Sede a Roma. A parte un breve ritorno di qualche mese a Bologna tra 1709 e 1710, in quanto malato, e durante il quale si rifugiò nella sua villa fuori città, restò a Roma fino al 17 febbraio 1714. Rientrato a Bologna, il 17 luglio 1724 venne di nuovo scelto come ambasciatore a Roma dove restò fino al 14 luglio del 1731. Morì nel tardo pomeriggio di lunedì 26 agosto 1748 a quasi 89 anni d’età.
Uomo di grande esperienza e pratica politica, da vero difensore degli interessi petroniani a Roma, cercò sempre di fare il possibile per limitare la violenza e l’alterigia messe in campo in ogni occasione dalle autorità pontificie.