Nel periodo della persecuzione degli ebrei la biblioteca dell’Archiginnasio fu guidata da tre direttori: Albano Sorbelli, che ricoprì la carica dal 1904 all’aprile del 1943; Lodovico Barbieri, vicedirettore dal 1930 e poi direttore dal 1° maggio del 1943 all’11 ottobre 1944, quando morì nel bombardamento della colonia di Casaglia, dove era stata trasferita una parte delle raccolte della Biblioteca, allo scopo di proteggerle dai rischi della guerra e per ultimo Alberto Serra Zanetti, che per molti anni aveva anche svolto il ruolo di responsabile della Segreteria della Biblioteca e che ricoprì la carica di direttore dalla morte di Barbieri al 1960.
La Biblioteca dipendeva dall’Ufficio di pubblica istruzione del Comune di Bologna, e dunque disposizioni e circolari potevano giungere sia da questo Ufficio sia direttamente dal Podestà o dal Commissario prefettizio che ne faceva le veci.
Le biblioteche governative erano alle dipendenze del Ministero dell’Educazione nazionale, retto da Giuseppe Bottai dal 1936 al 1943 e da Carlo Alberto Biggini dal 1943 fino alla fine della guerra. In particolare per le biblioteche era stata creata nel 1926 la Direzione generale delle accademie e biblioteche, poi Direzione generale delle accademie, delle biblioteche, degli affari generali e del personale. Questa Direzione fu retta dal 1933 al 1944 da Edoardo Scardamaglia, poi sostituito da Giacomo Gaetani d’Aragona.
La maggior parte delle circolari che disponevano la censura di libri venivano diffuse dal Ministero della Cultura popolare, che assume questa denominazione nel 1937. Istituito nel 1934 come Sottosegretariato stampa e propaganda alle dirette dipendenze di Mussolini, dal 1935 al 1937 fu elevato a ministero con la denominazione di Ministero per la stampa e per la propaganda. Ministro dal 1936 al 1939 fu Edoardo Dino Alfieri, e dal 1939 al 1943 Alessandro Pavolini.
Non essendo biblioteche governative, l’Archiginnasio e le altre biblioteche comunali, provinciali e di altri enti erano sottoposte alla vigilanza delle Soprintendenze bibliografiche, che erano inquadrate nella Direzione generale delle accademie e biblioteche e che si occupavano anche del loro sviluppo e della tutela del loro patrimonio. L’Archiginnasio ricadeva sotto il controllo della Soprintendenza bibliografica per le provincie di Bologna, Ancona, Ascoli, Forlì, Macerata, Pesaro e Ravenna, che aveva la propria sede presso la Biblioteca Universitaria di Bologna. Dal 1936 al primo dopoguerra questa Soprintendenza fu guidata da Domenico Fava, che ricopriva anche la carica di direttore della Biblioteca Universitaria.
La maggior parte delle comunicazioni e delle circolari emanate dal Ministero dell’Educazione nazionale giungono dunque in Archiginnasio tramite la Soprintendenza bibliografica, ma in molti casi vengono inviate anche alle biblioteche non governative direttamente dalla Direzione generale delle accademie e biblioteche. Un altro canale di diffusione, meno comune, è quello delle Prefetture, le cui circolari vengono inoltrate all’Archiginnasio dal Podestà o dall’Ufficio di pubblica istruzione.