Gli stemmi decorano le pareti sempre secondo un certo ordine: le nationes (cioè le regioni di provenienza dei vari gruppi di studenti) erano divise in citramontane e ultramontane, ovvero
al di qua e al di là delle Alpi. Le nationes erano sempre disposte secondo una certa sequenza per i legisti e secondo un’altra per gli artisti. Raggiunsero un massimo di 50 per i legisti e di
37 per gli artisti, nel XVII secolo. Non sempre il rappresentante di una natio era originario di quel medesimo luogo. Spesso suppliva uno studente di altra nazionalità.

La regolamentazione degli spazi dove apporre gli stemmi era nelle mani della Gabella Grossa, la magistratura bolognese che gestiva l’Archiginnasio. Nel Seicento cominciarono ad esserci gravi problemi di spazio. Si coprivano decorazioni precedenti, con l’obbligo di riprodurle più in piccolo il più vicino possibile (si veda ad esempio, nella Sala dello Stabat Mater, la memoria di Angelo Spannocchio, fiancheggiata da stemmi riprodotti in dimensioni minori). Poi non si seguì più questa usanza.

I syndici anatomiae erano i 20 studenti che venivano scelti per assistere alla pubblica funzione di anatomia nel febbraio di ogni anno. Questi studenti potevano apporre il loro stemma, a proprie spese.