Al piano terra vi sono alcune sale, destinate ai professori e ai bidelli dell’Università, le prime ad essere affrescate. Ora sono sede della Società Medica Chirurgica e dell’Accademia dell’Agricoltura.
Al centro, nel lato orientale del cortile, davanti al portone d’ingresso, si trova la Cappella di S. Maria dei Bulgari, il cui nome ricorda quello di una chiesa che sorgeva “in curia Bulgari”, cioè presso le case del celebre giurista Bulgaro (XII secolo). Era la cappella dello Studio, voluta da Pier Donato Cesi.
La cappella conserva i resti di un ciclo di affreschi con Storie della vita della Vergine (1591-1594) del pittore bolognese Bartolomeo Cesi, uno degli interpreti maggiori della cultura figurativa tardocinquecentesca bolognese. Purtroppo gli affreschi sono stati in gran parte distrutti nell’incursione aerea che il 29 gennaio 1944 devastò il lato orientale dell’edificio. Sull’altare maggiore si conserva la pala dell’Annunciazione (1582) dell’artista fiammingo Denis Calvaert (1540 ca. – 1619), fondatore di una scuola alla quale si formeranno artisti come Guido Reni e Francesco Albani.

Partoicolari degli affreschi di Bartolomeo Cesi fotografati prima della distruzione