Le antiche aule scolastiche, oggi trasformate in depositi librari della Biblioteca dell’Archiginnasio, si susseguono per tutta la lunghezza della fronte del palazzo. Le pareti sono ornate da stemmi e monumenti che celebrano le figure di maggior rilievo nella storia dello Studio. Con la sistemazione ottocentesca della biblioteca si cercò di conservare l’immagine solenne dell’edificio, realizzando vetrine per esporre cimeli e rarità bibliografiche, ed apponendo nuovi busti, dipinti ed epigrafi per celebrare i donatori della biblioteca civica.

Le Sale storiche non sono aperte al pubblico ma si possono vedere sia dalla Sala dello Stabat Mater (aperta alle visite turistiche) sia dalla Sala di Lettura della Biblioteca.

Alle estremità del fabbricato, ai lati delle 10 aule, erano collocate due aule magne, una per gli Artisti e una per i Legisti. Questa è l’attuale Sala dello Stabat Mater, mentre nell’Aula magna degli artisti è oggi collocata la Sala di Lettura della Biblitoeca e, per questo motivo è interdetta alle visite turistiche.