All’inizio degli anni Sessanta del XVI secolo, per ridare prestigio all’Università bolognese, cui facevano concorrenza le nuove università italiane e straniere, il pontefice Pio IV ne decise una completa riorganizzazione e concentrò in un’unica sede le scuole dei Giuristi (diritto civile e canonico) e degli Artisti (filosofia, medicina, matematiche, scienze fisiche e naturali), fino ad allora ospitate in diversi luoghi della città.

L’edificio delle “nuove scuole”, o Archiginnasio come venne chiamato con termine classico, venne costruito con grande celerità in un anno e mezzo e fu inaugurato il 21 ottobre 1563. L’architetto bolognese Antonio Morandi, detto il Terribilia creò una facciata, su due piani con portico, che rispecchia anche nei materiali (il cotto e l’arenaria) il carattere dell’architettura locale.

Il palazzo, costruito in uno spazio irregolare, si sviluppa soprattutto in senso orizzontale, affacciandosi sul fianco sinistro della basilica di San Petronio e su piazza Galvani.
L’Archiginnasio rientra fra i grandi progetti di rinnovamento urbanistico della seconda metà del Cinquecento. Risalgono a quegli anni la fontana del Nettuno (1564), l’Ospedale della Morte (1565) e il Palazzo dei Banchi (1565 – 1568), che chiude il lato orientale di piazza Maggiore.

Il cortile

Il cortile a doppio loggiato, vero fulcro dell’edificio, risente dell’influenza dell’architettura dei collegi universitari, di cui a Bologna quello di Spagna rappresenta il prototipo, e ricorda i cortili dei palazzi nobiliari cittadini dove si svolgevano sontuose cerimonie anche di carattere pubblico.

Il cortile fu teatro di numerosi avvenimenti legati alla storia dello Studio: la cerimonia più pittoresca era la preparazione della Teriaca, farmaco ottenuto dalla combinazione di ben cinquanta elementi che fungeva da panacea contro tutti mali e in particolare contro il morso degli animali selvatici e velenosi.