Dopo il fallimento dei colloqui di Ratisbona, nel 1542 la Chiesa Cattolica sceglie nuove modalità di azione e discussione e la cosa non sarà senza conseguenze per i protagonisti di Q.
La bolla del 22 maggio Initio Nostri indice il XIX concilio ecumenico della Chiesa cattolica, da tenersi a Trento a partire dall’ottobre, ma che inizierà solo nel 1546. Alcuni cardinali vedono il Concilio come l’occasione per una resa dei conti con le dottrine luterane, da respingere senza appello; altri invece sperano in una riforma interna della Chiesa cattolica che tenga conto anche delle critiche dei riformatori. Reginald Pole, cardinale inglese, redige un documento preparatorio al Concilio in cui affronta il tema della “giustificazione per sola fede”, che divide luterani e cattolici su un piano sia dottrinale che pragmatico: infatti, svalutando l’importanza delle “buone opere” nel raggiungimento della salvezza, la “giustificazione per sola fede” mette in discussione la compravendita delle indulgenze. La posizione conciliatoria di Pole risulta perdente e la “giustificazione per sola fede” viene bollata come dottrina eretica il 13 gennaio 1547. In questo stesso anno, e fino al 1549, il Concilio viene spostato a Bologna, per sottrarlo alle influenze dell’imperatore Carlo V.
Una seconda bolla papale, la Licet ab initio del 21 luglio 1542, istituisce la “Sacra Congregazione della romana e universale inquisizione”, che ha il compito di individuare e punire chi sostiene e diffonde dottrine eterodosse o eretiche. Ne è fervido promotore e guida Gian Pietro Carafa, i cui agenti, primo fra tutti Q, compiono da anni in segreto quello stesso lavoro di vigilanza e punizione. Pienamente consapevole dell’importanza della stampa, Carafa si mette in caccia non solo di persone ma anche di libri: il primo Index librorum prohibitorum dell’Inquisizione romana viene redatto solo nel 1558-59, ma da subito la censura colpisce duramente e librai e stampatori finiscono nel mirino.